中共宁夏吴忠金积工业园区工作委员会、宁夏吴忠金积工业园区管理委员会内设6个正科级机构:
(一)办公室(政务服务中心)。负责园区政务协调工作，协助园区领导处理日常事务。负责园区文秘、信息、政务公开、财务管理、印章管理、会务接待、机构编制、人事、劳资、档案、保密、政务督办等工作。负责落实园区企业项目审批“一站式”代办服务制度，按照集中受理、并联审批、网上办理、限时办结的工作要求，及时高效开展企业名称预核准、企业投资建设固定资产项目备案等行政审批手续办理工作。
(二)党群工作部。负责园区党建、党风廉政建设、意识形态建设、精神文明建设。负责统战、综合治理及群团工作。负责非公领域党建工作，推进党的组织和工作有形有效覆盖。
(三)规划建设局。负责园区各项规划的编制、评审和建设项目土地预审报批、规划选址、工程报建等工作。负责园区基础设施项目建设协调服务、监督管理工作。负责园区“区域评”改及土地、道路、供水、排污、供电、绿化、通讯、供气、供热等基础配套设施的规划建设管理。负责园区公共服务区的管理和环境卫生整治工作。负责做好园区水资源管理工作。
(四)经济合作局(招商局)。负责围绕园区主导产业和产业链建设，研究拟订招商引资优惠政策及相关奖励办法，开展精准招商。负责园区各类招商引资项目研究、筛选、储备、洽谈、签约和在建工业项目入库、投产企业纳规申报工作。负责入园项目备案，协调落实国家、区、市支持企业发展的政策及措施。负责园区经济运行监测、固定资产投资分析、统计，建立园区经济发展监测和评价体系。负责开展“散乱污”“僵尸企业”专项治理，鼓励支持园区企业聚焦产品、装备、工艺、技术、管理、营销等生产经营环节进行改造升级。
(五)应急管理和生态环境局。负责严格执行落实安全生产许可制度和产业政策，严把项目、企业安全生产关。负责组织开展企业安全生产监督检查和生产安全事故的调查处理。负责园区工程项目安全设施“三同时”审查管理工作。负责严格执行落实入园项目环保评审制度，强化企业环保治理源头监管，落实企业节能减排和“三废”治理。负责监督企业落实“环境影响评价”等环保规章制度，实施污染防治计划，配合相关执法部门做好环境污染事件的调查处理。协助有关部门推进企业环保落后工艺和设备的淘汰，督促企业落实环保治污设施的升级改造。
(六)科技人才局。负责园区国家高新技术产业开发区升级工作。负责园区企业人才引进培训、“双创” 基地建设、创业孵化基地和科技企业孵化器建设，支持引导园区企业加强与国内高校、科研院所、大型企业的合作联动。负责园区信用体系建设和食品检测研发中心等公共服务平台运行管理。负责园区基础设施建设项目、人才建设、企业知识产权、高新技术企业等申报工作。负责企业产品展示展销和工业旅游工作。协调园区银企对接、融资等工作。
